| Registro completo |
| Provedor de dados: |
PAB
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| País: |
Brazil
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| Título: |
Comparação dos algoritmos delineação rápida em cadeia e seriação, para a construção de mapas genéticos
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| Autores: |
Mollinari,Marcelo
Margarido,Gabriel Rodrigues Alves
Garcia,Antonio Augusto Franco
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| Data: |
2008-04-01
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| Ano: |
2008
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| Palavras-chave: |
Algoritmo ripple
Dados perdidos
Marcadores dominantes e co-dominantes
Método Monte Carlo
QTL
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| Resumo: |
O objetivo deste trabalho foi avaliar a eficiência, na construção de mapas genéticos, dos algoritmos seriação e delineação rápida em cadeia, além dos critérios para avaliação de ordens: produto mínimo das frações de recombinação adjacentes, soma mínima das frações de recombinação adjacentes e soma máxima dos LOD Scores adjacentes, quando usados com o algoritmo de verificação de erros " ripple" . Foi simulado um mapa com 24 marcadores, posicionados aleatoriamente a distâncias variadas, com média 10 cM. Por meio do método Monte Carlo, foram obtidas 1.000 populações de retrocruzamento e 1.000 populações F2, com 200 indivíduos cada, e diferentes combinações de marcadores dominantes e co-dominantes (100% co-dominantes, 100% dominantes e mistura com 50% co-dominantes e 50% dominantes). Foi, também, simulada a perda de 25, 50 e 75% dos dados. Observou-se que os dois algoritmos avaliados tiveram desempenho semelhante e foram sensíveis à presença de dados perdidos e à presença de marcadores dominantes; esta última dificultou a obtenção de estimativas com boa acurácia, tanto da ordem quanto da distância. Além disso, observou-se que o algoritmo " ripple" geralmente aumenta o número de ordens corretas e pode ser combinado com os critérios soma mínima das frações de recombinação adjacentes e produto mínimo das frações de recombinação adjacentes.
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| Tipo: |
Info:eu-repo/semantics/article
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| Idioma: |
Português
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| Identificador: |
http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0100-204X2008000400009
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| Editor: |
Embrapa Secretaria de Pesquisa e Desenvolvimento
Pesquisa Agropecuária Brasileira
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| Relação: |
10.1590/S0100-204X2008000400009
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| Formato: |
text/html
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| Fonte: |
Pesquisa Agropecuária Brasileira v.43 n.4 2008
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| Direitos: |
info:eu-repo/semantics/openAccess
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